・個別シナリオ中に、突然NPCの心の迷宮になる時がある。プレイ事態に支障は及ばない。
（これは正常なのでとくに支障はありません）
（どのシナリオにおいても突然ＰＣと関係のないキャラの心の迷宮になることがあったため、仕様であると思われる）
・コンビニの外を歩けることがある。一度出てしまうとコンビニ内には入れなくなる。
・『使徒、襲来』で、NPCが今いるマップから出られなくなってしまうことがある。PCであるシンジの移動には支障はない。
NPCを学校やネルフ本部へ誘いその場所から出すことは可能だが、NPCはシンジとともに行った先でまた同じように出られなくなる。
・NPCのレイが食堂で何か食べ終わった後、席を立つまで食べ物が残っていることがある。
↑グラフィックから推測するとネルフ豪華定食（空腹が大きく低下している時に食事すると出る。時間帯が食事時であることも条件）の時に発生する模様。
バグではなく、肉が嫌いというレイの設定を反映した演出である。また、レイのみのメニューに野菜サラダらしきものがある。
・『使徒、襲来』でNPCだけが移動できるエリアにはまってしまうことがある。
・会話のウィンドウに文字が出る直前に○ボタンを押してしまうと、ウィンドウの文字とキャラボイスが一つずれる。○ボタンを押すと、本来喋るキャラボイスをカットして普通に会話が続く。
・PCが冷水機を使おうと近づいている時にNPCが冷水機の近くを走りながら『水を飲む』のコマンドを選ぶと、PCが先に冷水機を使ってNPCが何も無いところで水を飲む仕草をしたり、冷水機前で二人が重なりながら水を飲むことがある。
・ミサトマンションでNPCがテーブルから立ち上がるときに話しかける
と話がおわったあと床に座ることがある
・使徒戦でビルに挟まって動けなくなる。しかも使徒は国連軍と兵装ビルに攻撃されて動けなくなってた。
・ゲンドウシナリオ「人類補完計画」で第参使徒サキエル戦時、エヴァ（シンジ、レイ）がケーブル（赤状態）を切ろうとせず、そして動こうともせず使徒になすがまま状態。
こちらの攻撃はアサルトライフルが弾切れと同時に範囲外に。
使徒は初号機ばかり狙い、（ATFがものっそ高いため）攻撃の合間に全回復。使徒もエヴァも死なないといふハメ状態に陥りました。→リセット
・サハクィエル戦で、NPCのエヴァが内部電源終了前までにどうしても間に合わないことがある。
・ミサトのマンションでペンペンの冷蔵庫の向かい側の壁に行くとたまにカメラのアングルであたかもキャラが消えたようになる。(バグではないしただ、キャラが半透明になって見えにくくなるだけ)
・学校で授業の復習をするを選択するとたまにバグる。
その内容は机もパソコンも椅子もないところでＰＣとＮＰＣが復習して判定パルスが発生あれ大丈夫かなと思っていたらイスから立ち上がった瞬間ＰＳＰが一切の操作を受け付けなくなる。一種のフリーズのようになる。
またフリーズしないが復習が終わった後机にハマり全く動けなくなることもある。ぼんやりで残りを過ごすしかない。
・イロウル戦で、リツコ、オペレーター達のA.T.が低すぎると、小アラウンドまでに間に合わない。この場合、家に強制で寝に帰り、そのまま家から出られなくなる。
・退院までの日にちは、計画書やマップ移動で経過してもカウントされない?
・授業の復習で椅子の後ろにいると稀に椅子が後ろに引いたまま動かずに座るNPCが空気椅子をすることがある
・加持シナリオの際にセントドグマ内で一日終了（AM5：00）したとき、一度起きた後すぐ自宅に入ったことになり、行動が翌18：00からになった。また、同シナリオの同章内で自宅に戻っても自宅経過せず、移動時間だけ消費し、行動選択画面に戻った。
（これは正常なのでとくに支障はありません）
（どのシナリオにおいても突然ＰＣと関係のないキャラの心の迷宮になることがあったため、仕様であると思われる）
・コンビニの外を歩けることがある。一度出てしまうとコンビニ内には入れなくなる。
・『使徒、襲来』で、NPCが今いるマップから出られなくなってしまうことがある。PCであるシンジの移動には支障はない。
NPCを学校やネルフ本部へ誘いその場所から出すことは可能だが、NPCはシンジとともに行った先でまた同じように出られなくなる。
・NPCのレイが食堂で何か食べ終わった後、席を立つまで食べ物が残っていることがある。
↑グラフィックから推測するとネルフ豪華定食（空腹が大きく低下している時に食事すると出る。時間帯が食事時であることも条件）の時に発生する模様。
バグではなく、肉が嫌いというレイの設定を反映した演出である。また、レイのみのメニューに野菜サラダらしきものがある。
・『使徒、襲来』でNPCだけが移動できるエリアにはまってしまうことがある。
・会話のウィンドウに文字が出る直前に○ボタンを押してしまうと、ウィンドウの文字とキャラボイスが一つずれる。○ボタンを押すと、本来喋るキャラボイスをカットして普通に会話が続く。
・PCが冷水機を使おうと近づいている時にNPCが冷水機の近くを走りながら『水を飲む』のコマンドを選ぶと、PCが先に冷水機を使ってNPCが何も無いところで水を飲む仕草をしたり、冷水機前で二人が重なりながら水を飲むことがある。
・ミサトマンションでNPCがテーブルから立ち上がるときに話しかける
と話がおわったあと床に座ることがある
・使徒戦でビルに挟まって動けなくなる。しかも使徒は国連軍と兵装ビルに攻撃されて動けなくなってた。
・ゲンドウシナリオ「人類補完計画」で第参使徒サキエル戦時、エヴァ（シンジ、レイ）がケーブル（赤状態）を切ろうとせず、そして動こうともせず使徒になすがまま状態。
こちらの攻撃はアサルトライフルが弾切れと同時に範囲外に。
使徒は初号機ばかり狙い、（ATFがものっそ高いため）攻撃の合間に全回復。使徒もエヴァも死なないといふハメ状態に陥りました。→リセット
・サハクィエル戦で、NPCのエヴァが内部電源終了前までにどうしても間に合わないことがある。
・ミサトのマンションでペンペンの冷蔵庫の向かい側の壁に行くとたまにカメラのアングルであたかもキャラが消えたようになる。(バグではないしただ、キャラが半透明になって見えにくくなるだけ)
・学校で授業の復習をするを選択するとたまにバグる。
その内容は机もパソコンも椅子もないところでＰＣとＮＰＣが復習して判定パルスが発生あれ大丈夫かなと思っていたらイスから立ち上がった瞬間ＰＳＰが一切の操作を受け付けなくなる。一種のフリーズのようになる。
またフリーズしないが復習が終わった後机にハマり全く動けなくなることもある。ぼんやりで残りを過ごすしかない。
・イロウル戦で、リツコ、オペレーター達のA.T.が低すぎると、小アラウンドまでに間に合わない。この場合、家に強制で寝に帰り、そのまま家から出られなくなる。
・退院までの日にちは、計画書やマップ移動で経過してもカウントされない?
・授業の復習で椅子の後ろにいると稀に椅子が後ろに引いたまま動かずに座るNPCが空気椅子をすることがある
・加持シナリオの際にセントドグマ内で一日終了（AM5：00）したとき、一度起きた後すぐ自宅に入ったことになり、行動が翌18：00からになった。また、同シナリオの同章内で自宅に戻っても自宅経過せず、移動時間だけ消費し、行動選択画面に戻った。
