- マップが全部リニューアルされて、新しいマップが追加。
追加されたマップ
学校の屋上
高台の公園
新箱根湯本駅
加持の個室
射撃訓練所
零号機・弐号機・参号機・四号機の各ケイジ(それぞれ機体がある時のみ)
幹部・職員・パイロット各宿舎 地上の廃墟(街の壊滅時のみ。パイロット宿舎に関してはカヲルが出現すると自動的に追加される?)
学校の屋上
高台の公園
新箱根湯本駅
加持の個室
射撃訓練所
零号機・弐号機・参号機・四号機の各ケイジ(それぞれ機体がある時のみ)
幹部・職員・パイロット各宿舎 地上の廃墟(街の壊滅時のみ。パイロット宿舎に関してはカヲルが出現すると自動的に追加される?)
- コマンド・ボイス大幅増加。
- 使徒、襲来のシナリオがテレビ版と同じ展開になるようになった。
- それぞれのキャラクターの個別シナリオ・エンディングの追加。
- PS2版ではイベント戦闘だけだった使徒との戦闘シーンが追加。
- NPCのステータス、所持アイテム、PC、NPC同士の人間関係が見れるようになった。
- チュ-トリアルがいつでも見れるようになった。
- ウォッチモード追加。(操作をAIに任せて観察するだけのモード。)
- 走れなかったキャラ全員(カヲル、ゲンドウ、冬月、白衣着用中のリツコ)が走れるようになった。
- 人間関係のパラメータが関心と好意の二つになった。
- 会話中のカットイン(目逸らし・胸元を見る・キス)が廃止された。
- キャラにより決まった時間(例として使徒襲来ではAM1:00)までしか行動できない。時間になったら自動的に6時間経過し、翌朝になる。
- PCのみ、次の日の朝になると自動的に体調が回復するようになった。
- これにより体調を必ず回復させなくても良くなった。
- オープニングとエンディング曲が無くなってる。
- キャラのマップに入れる所が微妙に変わってる。
(パイロットが第一発令所に入れるようになった。
なぜかレイやヒカリ・カヲル・加持などはコンビニに入れなくなってる…)
なぜかレイやヒカリ・カヲル・加持などはコンビニに入れなくなってる…)
- マップ中で拾えるアイテムがなくなった。
- デフコン(使徒襲来までの時間)が表示されるようになったため、戦いに備えての体調回復やセーブが容易になった。
- 行動時に消費される時間が変更された。
例: 第3新東京市~ネルフ本部間の移動…PS2: 22分 / PSP: 60分
- 一部のアイテムの値段が変わった。(例:PDAが十万から五万になった)
- 一部の武器の弾数が変更された。(ポジトロンライフル・・・3から2へ。ポジトロンスナイパーライフル・・・2から3へ)
- 強力なマゴロクソードが使えるようになった。
- 使徒の一部の攻撃に対しタイミングを合わせて○ボタンを押す「防御」が廃止された。
- キャラクター専用の技能が追加された。
- 各パイロット・・・シンクロ技能(トウジはパイロットになってから追加される)
- 各オペレーター・・・オペレート技能
- 葛城ミサト・・・参謀技能
- 赤木リツコ・・・開発技能
- 加持リョウジ・・・諜報技能