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世界観
舞台となるのは、美しい海沿いの土地、「港区（みなとく）」。
港区は、新旧２つの風景を併せ持っている。
陸地側にあるのは、古くからの港街「巌戸台（いわとだい）」。
海を隔てて反対側にあるのは、
新興の人工島「辰巳ポートアイランド（たつみぽーとあいらんど）」。
そしてポートアイランドの中心には、島の竣工理由の１つでもある小中高一貫の名門校、
「私立・月光館学園（しりつ・げっこうかんがくえん）」が建っている。
主人公や仲間たちは、巌戸台にある学生寮から、ポートアイランドにある学園へと、
モノレールを経由して日々通う事になる。
しかし…彼らの青春には"光"だけが待ちうける訳ではない。
世界には、実は１日と１日の狭間に"普通でない"時間帯…"影時間（かげじかん）"が
存在している。それは毎晩午前０時になると訪れ、しばらく続いたのち明ける。
影時間が始まると、普通の人間は棺に似た形の結晶状のオブジェに変わり、
その間の事を何も感じられなくなる（これを"象徴化（しょうちょうか）"という）。
そのため、影時間は世の中の殆どの人にとって"無いのと同じ"であり、
誰もその存在に気付いていない。
自由に動けるのは、影時間の本来の住人…"シャドウ"と呼ばれる怪物たちのみ。
だが…主人公と仲間たちは、その影時間の中で行動しうる"適性"を見出される。
やがてそれぞれの内に目覚める、シャドウを滅ぼす唯一の力、"ペルソナ能力"。
かくして彼らは、昼には友達や先輩後輩として学園生活を送りつつ、
夜には共に戦う同志として、影時間のシャドウに挑んでゆく事になる。